Hatiku Di Kinabalu mengisahkan Anuar (Zul) dan Qistina (Yana) hangat bercinta ketika di zaman kolej dan kemudiannya berkahwin. Malangnya, Qistina jatuh koma akibat kecederaan serius selepas diragut. Anuar setia menjaga Qistina yang terlantar di hospital dan pada masa yang sama, dia juga menjaga anak perempuannya, Maya.

Keadaan menjadi rumit selepas Anuar mengahwini Lara selepas dipujuk oleh ibu bapa Qistina. Kehidupan mereka diteruskan seperti biasa dan mereka terus menjaga Qistina yang masih terlantar di hospital.

Konflik sampai ke kemuncaknya apabila Qistina yang terlantar koma selama 10 tahun akhirnya tersedar. pada masa sama, Maya tidak boleh menerima ibu kandung yang selama ini hanya dilihat hanya kaku di atas katil hospital.